Las ETA se producen cuando el alimento se contamina con microorganismos patógenos o sus toxinas (bacterias, parásitos, hongos y virus). En muchos de los casos estos microbios llegan a los alimentos por intermedio de los mismos manipuladores.

La higiene de los alimentos se preocupa de las actividades tendientes a que los alimentos reúnan requisitos de inocuidad, salubridad y que conserven sus características nutritivas.

Los hábitos higiénicos, como el lavado de las manos antes de manipular alimentos, el no toser o estornudar sobre los mismos, evitar la manipulación con heridas expuestas, ayudan a impedir que los alimentos se contaminen y alteren nuestro estado de salud.